Сједиште Регионалне канцеларије Мостар је у Мостару. Регионална канцеларија Мостар, у складу са законом и Правилником о унутрашњој организацији СИПА-е, послове и задатке обавља у зони своје надлежности која покрива подручја министарстава унутрашњих послова Херцеговачко-неретванског кантона, Западнохерцеговачког кантона и Кантона 10 у ентитету Федерација БиХ и подручје Центра јавне безбједности Требиње у ентитету Република Српска.
Унутрашње организационе јединице
- Криминалистичко-истражни одсјек
- Одсјек за прикупљање криминалистичко-обавјештајних података
- Одсјек за истраживање ратних злочина и кривичних дјела кажњивих по међународном хуманитарном праву
- Група за оперативно дежурство, везу и криптозаштиту
- Регионална канцеларија Мостар
- Блајбуршких жртава бб, 88000 Мостар
- 036 447-500
- 036 348-987
- rkmostar@sipa.gov.ba